1月6日，betway体育下载 陳捷凱課題組開發的單細胞數據IO軟件“scDIOR”於BMC Bioinformatics雜誌在線發表。該軟件統一了多種單細胞分析工具的數據結構，使單細胞數據能夠在不同平台間快速轉換，減少存儲和內存消耗，將顯著提升單細胞研究的效率。

單細胞測序應用極廣，其數據具有樣本量大、信息量大、統計和挖掘極為複雜等特點，科學家往往需要不斷切換不同軟件，不同平台來滿足分析需求。然而，單細胞數據在不同平台之間的傳輸存在技術障礙，導致科學家將大量的時間花費在數據轉換上，嚴重影響研究效率。

為了解決上述問題，陳捷凱課題組開發了軟件scDIOR，統一了R和python平台的三種主流的數據結構，即Seurat，SingleCellExperiment和Scanpy。通過scDIOR，單細胞數據以統一的H5格式保存，無論從哪個平台開始，隻需兩行代碼就可實現單細胞數據在不同工具包之間的快速轉換，支持轉錄組和空間組等多種數據類型（可繼續迭代增加），最大程度地保留了原始信息。因此，scDIOR可以快速比較一項分析任務在不同工具包的差異；依托H5文件格式的“組”，提供部分數據讀取功能，大幅度減少內存消耗和時間消耗；設計了命令行指令，可實現批量數據轉化。綜上所述，scDIOR可以應用建立一個標準的單細胞數據結構，將不同工具的優勢連接起來，幫助科學家更高效地完成單細胞的研究工作。

本研究在陳捷凱研究員和林立惠博士指導下，由生物島實驗室實習研究員馮輝堅完成。軟件已經過大量用戶使用優化，可在GitHub下載（鏈接https://github.com/JiekaiLab/scDIOR），也歡迎提出寶貴意見（可發至feng_huijian@grmh-gdl.cn）。

論文鏈接

　　單細胞數據IO軟件scDIOR

scDIOR很方便地實現數據在平台間的轉換，將不同工具的優勢連接起來